Habilidades relevantes para a aprendizagem e para a vida podem ser desenvolvidas em Atividades Investigativas e também promovidas na Educação em Saúde, inclusive quando tratamos dos vírus e de vacinação. Esta pesquisa de cunho qualitativo, descritivo e exploratório, objetivou investigar a manifestação das Habilidades Cognitivas Investigativas em alunos, por meio das análises em seus diálogos, durante a realização das Atividades Investigativas, e mobilização de conhecimentos no decorrer da Sequência Didática Investigativa (SDI). Para isso, foram selecionadas as habilidades de identificação de problemas, proposição de hipóteses e elaboração de conclusões. Desenvolvemos uma SDI composta por três encontros, com participação de cinco educandos do sétimo ano do Ensino Fundamental de uma escola pública paranaense. Abordamos, remotamente, o conteúdo vírus e vacinação. Os alunos tiveram contato com esses assuntos em anos anteriores, mas nunca haviam experienciado aulas investigativas. Os dados foram analisados por meio de dois referenciais analíticos específicos. As análises revelam que no primeiro encontro, a identificação do problema e emissão de hipóteses, foi manifestada pela maior parte dos estudantes, já a elaboração de conclusões não estava alinhada ao conhecimento científico e os educandos não relacionaram corretamente as hipóteses com as conclusões. No segundo e terceiro encontro, houve um aumento gradual no desenvolvimento das referidas habilidades. Dessa forma, concluímos que ao longo dos encontros, os discentes manifestaram as três Habilidades Cognitivas Investigativas selecionadas. Consideramos que estudos como este são relevantes tanto para o Ensino de Ciências como para a Educação em Saúde.