Os livros didáticos são um dos recursos pedagógicos mais utilizados em sala de aula e importantes mediadores no processo de ensino e de aprendizagem. Os livros didáticos são relevantes para o currículo e para a formação dos alunos. A evolução biológica se apresenta como um tema unificador no conteúdo de Biologia, importante para o entendimento de vários temas relacionados ao desenvolvimento, à genética, seleção natural, além de outras áreas, e seu ensino é permeado por obstáculos epistemológicos no livro didático. O que torna relevante a necessidade de analisar este tipo de material didático principalmente conteúdos como a biologia evolutiva. Devido a importância de se compreender que a História e a Filosofia da Ciência têm um papel fundamental na construção do conhecimento científico, sendo uma área capaz de minimizar os equívocos sobre a evolução e ainda entendendo que a ciência se constitui por meio de controvérsias científicas, as quais são responsáveis pelo desenvolvimento da ciência, esta pesquisa objetivou identificar e analisar a presença de temas controversos no conteúdo de evolução biológica nos livros didáticos do terceiro ano do ensino médio aprovados pelo PNLD 2018. A pesquisa seguiu uma abordagem qualitativa de cunho bibliográfico. Dos dez livros aprovados pelo PNLD 2018, sete foram analisados. Para analisar as controvérsias científicas encontradas foram elaboradas unidades de contexto e de registro, sob dois aspectos: 1) aspectos epistemológicos e 2) aspectos históricos. As unidades de contexto são referentes aos aspectos epistemológicos das controvérsias (UC1), aos aspectos do conteúdo da extinção dos dinossauros (UC2) e dos aspectos do conteúdo do melanismo industrial (UC3). Observamos que, embora alguns autores apresentem os temas controversos, o conteúdo de evolução tende a ser descrito de maneira aglomerada e muitas vezes historicamente descontextualizada, podendo dificultar a percepção dos conceitos evolutivos e o desenvolvimento do pensamento crítico e do conhecimento biológico.