Em aulas expositivas tradicionais, o professor expões os conhecimentos e os alunos, simplesmente, acompanham. No Ensino por Investigação, os estudantes tomam o lugar do protagonista em busca da resolução de um problema. Essa modalidade de ensino visa desenvolver habilidades nos alunos que estejam próximas a cultura cientifica, e criar condições para eles trabalharem a partir de um problema, não buscando formar cientistas, mas sim com que os alunos se apropriem do conhecimento cientifico de uma maneira diferente, usando habilidades cognitivas próximas a uma prática científica. A pesquisa, de cunho qualitativo, foi desenvolvida em uma Escola da Rede Estadual de Ensino, com uma turma do 7º ano do Ensino Fundamental II, da cidade de Londrina. Para a realização do trabalho foi elaborada uma Sequência Didática investigativa, baseada na resolução de problemas, que buscou identificar se o Ensino por Investigação é eficaz ao abordar a caracterização e classificação, de maneira contextualizada, de Vírus e dos Reinos Monera, Fungi e Protista, e se o mesmo possibilita que os alunos desenvolvam atividades investigativas de resolução de problemas. Ao final da pesquisa, foi possível considerar que inicialmente as dúvidas apresentadas pelos alunos foram referentes ao desenvolvimento das atividades e sobre a estrutura da Sequência Didática e, com o passar das aulas, elas tornaram-se referentes aos aspectos do conteúdo da Sequência Didática. A falta de vocabulário apresentada pelos alunos e a não realização de uma dinâmica para a preparação dos alunos para trabalharem em grupo foram consideradas empecilhos para a realização do estudo. Porém a motivação dos alunos, frente a nova modalidade de ensino, foi a principal potencialidade apresentada durante o desenvolver das atividades. É possível citar o aumento da autonomia dos estudantes, que foi desenvolvida por eles ao resolverem os problemas propostos, e uma melhora no relacionamento entre eles, pois os mesmos precisavam expor suas ideias, defender seu ponto de vista e chegar a uma conclusão para solucionar os problemas propostos. Assim, o Ensino por Investigação, foi eficaz, pois possibilitou aos alunos o desenvolvimento das atividades investigativas de resolução de problemas e o aprendizado das principais características e classificação dos Vírus e dos Reinos Fungi, Monera e Protista.