A perspectiva de interdisciplinaridade educativa promove a contextualização e o envolvimento das partes, constituindo ligações de complementaridade e correlação, interconexões e passagens entre os conhecimentos e especialidades, reconhecendo a complexidade que envolve as situações humanas. Tem como objetivo promover, por intermédio de uma abordagem, a integração de variados conhecimentos, estimulando e desenvolvendo habilidades cognitivas e relacionais, para que ocorra aprendizagem significativa, complexa e então interdisciplinar, assim como preparar o aluno para a interpretação e mudança de sua condição e atitude social frente à sua realidade. Proporcionando e capacitando o sujeito de modo que o mesmo reconheça a legitimidade e faça uso dos saberes científicos na prática cotidiana. Ocorrendo por meio de estratégias de ensino que abordaram questionamentos, reflexões e a participação em decisões. Propusemos a elaboração, aplicação e análise de uma Ilha Interdisciplinar de Racionalidade (IIR), para um grupo de vinte e oito alunos em uma turma interseriada do ensino médio, ora divididos em cinco equipes e ora participando de atividades individuais, assim proporcionando uma situação de aprendizagem em que aconteça a interdisciplinaridade para o ensino de Ciências. Nesta prática foram incluídos e entrelaçado aspectos da abordagem investigativa, da aprendizagem significativa e assim a consideração ao contexto do aluno, bem como princípios da complexidade, o conteúdo disciplinar de Microbiologia e por fim toda intervenção alicerçada nos saberes docentes. Além disso, organizamos e planejamos as etapas de modo que pudéssemos analisar a aprendizagem dos estudantes, por meio do V epistemológico, frente aos conceitos de Microbiologia. Nossa abordagem garantiu a promoção de situações coerentes a fim de manter o desenvolvimento de avanços que integram os conhecimentos cognitivos e sócio-relacional por parte dos estudantes e do professor pesquisador. Reconhecemos que nas propostas em equipe ficou mais evidente que essas relações aconteceram na qual os integrantes, apoiados por outros docentes da instituição, indicados ao longo da abordagem, contribuíram para as demonstrações e para as investigações. Percebemos, também, que a maior noção dos alunos gira ao torno do quesito que reconhecem e caracterizam os microrganismos como agentes benéficos ou prejudiciais à manutenção da vida na Terra. Acreditamos que o uso de uma metodologia investigativa de ensino poderia ser um fator que contribuiu para que as noções alternativas, elaboradas pelos alunos também em seu cotidiano, fossem reformuladas para a adoção de uma aprendizagem mais coerente com os conhecimentos científicos.