A linha de pesquisa “Biodiversidade e Conservação em Habitats Aquáticos” tem como enfoque principal investigar ambientes aquáticos que apresentam maior sensibilidade ao uso e ocupação do solo no seu entorno, sujeitos a diversas pressões, como a insuficiência de matas ciliares, a entrada de contaminantes e a construção de barragens de hidroelétricas. Nesses estudos, são investigadas a sistemática, biogeografia, dinâmica  populacional e ecofisiologia de diferentes grupos de animais aquáticos. Um ponto em comum nos estudos realizados é a busca por produzir conhecimento capaz de subsidiar ações de manejo e conservação de ambientes aquáticos.

Esta linha de pesquisa inclui os seguintes projetos:

• Sistemática de Organismos Neotropicais
• Ecologia e Conservação de Ambientes Aquáticos
• Ecofisiologia de Organismos Aquáticos