O programa de pós-graduação em Patologia Experimental surgiu em 2002, resultando de esforços dos docentes das áreas de Patologia Geral e de Imunologia básica da Universidade Estadual de Londrina.
O programa foi criado com a participação de 8 docentes do departamento de Ciências Patológicas e 3 docentes de áreas correlatas, a saber: Clínica Médica, Genética e Microbiologia. Em 2012 os docentes da área de Parasitologia integraram-se ao quadro de docentes Permanentes do Programa. Essa multidisciplinaridade permitiu definir um perfil científico e uma proposta pedagógica um pouco diferente da inicial.
A essência de nossos projetos científicos e o perfil de nossos egressos foi endereçada para um conceito, que na época foi considerado inovador: o estudo dos Mecanismo de Agressão e Defesa. Este modelo representa a base fundamental e conceitual para a abordagem da compreensão dos processos patológicos, desde a lesão celular até a instalação de uma doença com seu conjunto de sinais e sintomas. Nesta oportunidade, o curso de medicina da UEL adotava a proposta pedagógica de aprendizado baseado na problematização (PBL), sendo o Departamento de Ciências Patológicas envolvido nesta proposta, com todos os docentes que compunham o PPGPE incorporados ao processo. Esta interação resultou na criação de um módulo completo denominado MECANISMOS DE AGRESSÃO E DEFESA, proposta ajustada perfeitamente ao modelo do PPGPE. A inovação também foi gradativamente implantada nos outros cursos de graduação relacionados à área da saúde, na UEL. Um outro aspecto positivo foi congregar em torno de um modelo, as propostas de dissertações, favorecendo a interdisciplinaridade.
O programa em 2002 teve seu início com conceito 3, com 11 orientadores e 15 mestrandos. Apresentaram na somatória dos anos 2002-2003, 34 publicações indexadas e um total de 25 matriculados. Na primeira avaliação trienal (2001-2003), o conceito CAPES do PPGPE foi elevado para 4. No triênio seguinte (2004-2006), o número de artigos publicados foi de 54, 12 dissertações defendidas e 30 alunos matriculados, com o conceito mantido em 4.
Em 2007, o curso de Doutorado foi aprovado, e 8 alunos foram matriculados. No triênio seguinte (2007-2009), os números do PPGPE cresceram para 24 matrículas no curso de doutorado, e 34 no de mestrado. Foram 15 dissertações concluídas e cerca de 70 artigos publicados em revistas indexadas. Neste triênio, o número de docentes subiu para 15, sendo 11 permanentes e 4 colaboradores e o conceito elevou-se para 5. No triênio (2010-2012), já com conceito 5, tivemos a média anual de 35 mestrandos e 38 doutorandos matriculados. Nesta avaliação, a produção qualificada foi de 180 artigos científicos (média de 15 artigos por professor permanente), atingindo no ano de 2014 102 discentes, 235 artigos, e percentual de alunos de pós-graduação participantes dos artigos qualificados acima de 80% – acima da média nacional. No triênio 2013-2015, o número de docentes credenciados elevou-se para 20 sendo 16 permanentes e 4 colaboradores, com média de 22 artigos/docente. Esta produção foi oriunda de um percentual elevado de 20 doutorados e 33 mestrados concluídos.
Em 2013, a avaliação CAPES passou a ser quadrienal, e o PPGPE passou ao conceito CAPES 6, sendo considerado a partir de então um Programa de Excelência. A avaliação do quadriênio 2013-2016 foi finalizada com 65 Alunos de Mestrado e 31 de Doutorado matriculados.
O quadriênio 2017-2020 foi encerrado com 440 artigos publicados, sendo 286 estão nos extratos A1, A2 e B1, com 80% da nossa produção mantida com discentes e egressos. Atualmente, o PPGPE conta com 21 docentes, sendo 18 permanentes e 3 Colaboradores. Dos 18 Permanentes, 14 são bolsistas produtividade (CNPq e Fundação Araucária-Pr). Uma alta porcentagem dos nossos egressos se encontra em Instituições nacionais públicas e privadas, e em Universidades e Institutos de Pesquisa fora do país.
O PPGPE, desde a sua formação, tem como uma das suas principais características a multi/interdisciplinaridade entre Patologia, Imunologia, Parasitologia, Microbiologia e Fisiopatologia, disciplinas de base necessárias para a compreensão dos mecanismos pelos quais agentes químicos, físicos e biológicos exercem seus desafios e efeitos sobre os hospedeiros, assim como os mecanismos de resposta imune, metabólica e morfofuncional do hospedeiro aos agentes causais. Entendendo que a Patologia é uma área que produz a comunicação e interação entre a ciência de base e a prática clínica, o PPGPE procura traduzir o seu processo formativo com a articulação entre as linhas de pesquisa e as atividades didáticas, a produção intelectual, e a pesquisa translacional, contribuindo assim para a formação de um profissional dentro das competências pretendidas pelo Programa: um indivíduo capaz de atuar nos cenários acadêmico, científico, tecnológico, e também na assistência à saúde, de maneira atualizada e à margem do conhecimento disponível.