A crescente demanda da sociedade por serviços públicos de qualidade e a gradativa complexidade alcançada pela gestão pública, tornam iminentes o planejamento e organização das secretarias municipais de saúde, em busca da qualificação de seus processos de trabalho. A organização é essencial para dar visibilidade ao que é prioritário, de modo a ser tratado de forma efetiva, com base nos recursos disponíveis, tendo como alvo os resultados que se pretende alcançar. O objetivo deste trabalho é avaliar a organização da estrutura e dos processos de planejamento e gestão da Atenção Primária em secretarias municipais de saúde de municípios de pequeno porte. Trata-se de uma pesquisa sequencial, realizada em duas fases. A primeira, de abordagem quantitativa, para caracterização da população do estudo e análise comparativa dos municípios da macrorregião Norte do Paraná, considerando o porte populacional e os resultados financeiros em saúde. Os ensaios comparativos evidenciaram a ausência de padrão em alguns resultados financeiros, frente ao porte populacional. Ao contrário do que se acreditava, o aumento do porte populacional nem sempre estava relacionado à melhora dos resultados financeiros, e muitos municípios de pequeno porte apresentavam excelentes resultados. Tais achados deram origem à definição dos casos para a segunda fase da pesquisa, de abordagem qualitativa, realizada entre os meses de julho e novembro de 2021. Foram pesquisados oito municípios de pequeno porte por meio de entrevistas às equipes gestoras, análises documentais e aplicação de uma matriz de avaliação e julgamento (MAJ), validada previamente por um grupo de experts. Para análise dos resultados do perfil organizacional dos municípios selecionados, utilizou-se como referencial os parâmetros da matriz, associados à tríade de qualidade de Avedis Donabedian. A análise dos casos permitiu que fossem identificados parâmetros associados a bons resultados, e evidenciou possíveis consequências da ausência de organização na estrutura e nos processos da gestão da Atenção Primária em Saúde. Conclui-se, durante o estudo, que a MAJ validada não era adequada à realidade dos pequenos municípios, que em sua maioria não possuíam estrutura e dos processos de trabalho sistematizados, com vistas à qualidade. Com base na análise dos resultados, foi elaborado um rol de parâmetros, vistos como essenciais, para a área de planejamento e gestão, a fim de orientar secretarias municipais de saúde de pequenos municípios em seu processo de organização da Atenção Primária à Saúde. Quanto à avaliação da organização municipal, o estudo concluiu que ações voltadas à qualificação da estrutura e dos processos de planejamento e gestão, são determinantes para o alcance de melhores resultados e maior aproveitamento dos recursos disponíveis. Considerando o modelo de financiamento vigente para o custeio das ações na APS, que condiciona o valor do repasse de recursos financeiros aos indicadores que mensuram o desempenho das equipes, a organização dos processos de gestão se torna ainda mais relevantes. Os parâmetros essenciais propostos aqui podem contribuir para a sistematização de ações permanentes, e importante, para o alcance de resultados satisfatórios e para a qualidade na atenção à saúde.