Desde a impositividade do orçamento federal, iniciada em 2014, tornou-se obrigatória a execução de parte das emendas parlamentares (EPs), e definiram-se percentuais mínimos a serem gastos em ações e serviços públicos de saúde com esses recursos. Com isso, essa fonte de financiamento passou a ocupar lugar de destaque nas despesas do Ministério da Saúde (MS), especialmente na modalidade de transferências aos municípios. Tais fatos, aliados a um contexto de austeridade fiscal, condicionaram as EPs como uma importante estratégia para o custeio do Sistema Único de Saúde (SUS) e da Atenção Primária à Saúde (APS) no âmbito local. Frente a esse cenário, o objetivo principal desta tese foi analisar os efeitos da alocação de recursos federais por EPs para o financiamento da atenção primária e para a gestão financeira do SUS no âmbito municipal. O método envolveu duas etapas: uma, de abrangência nacional e caráter quantitativo, consistiu na análise de dados secundários sobre a execução das despesas em saúde do MS com foco nas transferências federais por EPs aos municípios. Nessa etapa, o efeito do repasse das EPs sobre o financiamento municipal foi verificado de forma estratificada por porte populacional dos municípios, por meio de modelos de equações de estimativas generalizadas. A outra etapa, de caráter qualitativo, compreendeu um estudo de caso, de cunho exploratório, desenvolvido em nove municípios da Macrorregião Norte do Paraná, por meio de entrevistas com equipes gestoras, realizadas entre julho e setembro de 2022, cujos resultados foram submetidos à análise hermenêutica crítica. A análise dos resultados apontou que o repasse de EPs para a APS apresentou: grande discrepância nos valores per capita entre os municípios de diferentes portes populacionais; inexistência de correlação com a despesa municipal em ASPS naqueles com mais de 10.000 habitantes; e associação inversa com a despesa em atenção primária à saúde (p < 0,050) em todos os grupos avaliados. O estudo de caso demonstrou que as EPs restringem a autonomia da gestão local do SUS, comprometem o processo de planejamento e a execução orçamentária-financeira. Conclui-se que as EPs não garantem maiores investimentos na APS no âmbito municipal; mas sim, substituem fontes de investimento, permitindo que recursos próprios, anteriormente planejados para essa área, sejam destinados a outros fins. A coexistência de fragilidades estruturais de gestão - predominantes em grande parte dos municípios –, somada à escassez de recursos financeiros e à elevada demanda assistencial, favorece a configuração de uma lógica impulsiva na execução das EPs, em detrimento de ações planejadas e sustentáveis em áreas estruturantes da saúde, como é o caso da APS.