Introdução: Os Consórcios Intermunicipais de Saúde (CIS) são os principais responsáveis pela prestação de serviços de Média Complexidade no estado do Paraná. O Programa de Apoio aos Consórcios Intermunicipais de Saúde (COMSUS) foi proposto pela Secretaria de Estado de Saúde com o objetivo de adequação dos CIS ao modelo das Redes de Atenção à Saúde (RAS), por meio de contratualização de metas e repasse de recursos. Objetivo: Compreender a relação entre os Consórcios Intermunicipais de Saúde e a Secretaria de Estado de Saúde na implantação do Programa Estadual de Apoio aos Consórcios Intermunicipais de Saúde no estado do Paraná. Método: Pesquisa qualitativa utilizando como técnica de análise a análise temática proposta por Bardin. A pesquisa desenvolveu-se entre os anos de 2013 e 2015. Foram entrevistados cinco agentes formuladores de políticas de saúde e um representante do CIS, dois CIS participaram de grupos focais. A partir da análise dos dados foram definidas três categorias: Consórcios Intermunicipais de Saúde: características e Relações Anteriores à Implantação do COMSUS; Implantação do COMSUS: caminhos percorridos pelos Consórcios Intermunicipais de Saúde e pela Secretaria de Estado de Saúde; Uma nova relação: mudanças na relação entre os Consórcios Intermunicipais de Saúde e os municípios. Resultado e discussão: O processo de implantação do COMSUS desencadeou nova forma de relacionamento entre os Consórcios e a SESA. Com as adequações às RAS os CIS passaram de prestadores de serviços para parceiros na execução da política de saúde do estado. Porém os Consórcios responderam às propostas de maneiras diferentes. Os CIS melhores estuturados traçaram estratégia de negociação das propostas, objetivando equilibrio entre as ações desenvolvidas pelos CIS e as propostas da SESA. Os Consócios menos estruturados basearam a relação na aceitação das modificações, uma vez que essa era a possibilidade de melhoria do trabalho do CIS. Além das modificações na relação com a SESA o COMSUS influenciou o vínculo dos Consórcios com os municípios, prestadores de serviços e usuários. Considerações Finais:O COMSUS deixa suas primeiras marcas na saúde pública paranaense, traçando caminhos de mudanças que ainda não podem ser avaliadas, mas que já começam a se estruturar.