Biomoléculas e biopolímeros de interesse industrial: as ações nesta linha de pesquisa tem como objetivo a produção, extração, purificação, caracterização e aplicação de biomoléculas e biopolímeros.

Bioquímica de microrganismos: esta linha de pesquisa atua no desenvolvimento e aplicação de métodos para a produção e caracterização de enzimas, metabólitos primários e secundários, e no monitoramento e controle de toxinas e xenobióticos.

Biotecnologia de microrganismos e plantas: compreende estudos que envolvem a identificação de funções de interesse biotecnológico presentes em microrganismos e plantas, o desenvolvimento de métodos e processos que possibilitem sua aplicação como insumo biotecnológico, e a detecção de patógenos e toxinas em diferentes matrizes.