O coelho doméstico é cada vez mais presente na rotina da clínica de pets não convencionais. É muito comum o animal chegar ao atendimento por erro de manejo, principalmente alimentar, que manifesta problemas relacionados ao trato gastrointestinal, como a estase gastrointestinal, cecoprofagia anormal, disbiose, entre outros. Por ser uma presa, é um animal que comumente máscara os sinais clínicos, fazendo com que cheguem ao atendimento muitas vezes quando a doença já está avançada. Este estudo teve como objetivo avaliar a utilidade da bacterioscopia de fezes com coloração de Gram como ferramenta auxiliar na rotina clínica de coelhos domésticos, correlacionando seus achados com exames hematológicos, bioquímicos e semeaduras em placas com meios de Mueller-Hinton (MH) e MacConkey (MC). Foram avaliados 31 coelhos, de ambos os sexos, com idades entre dois meses e três anos, dos quais foram colhidas amostras de sangue e fezes. Na análise microscópica, com as lâminas coradas foi realizado contagem manual de morfotipos bacterianos, separando em sete categorias: cocos Gram positivos e negativos, bacilos Gram positivos e negativos, bacilos pleomórficos, bacilos longos e leveduras. Estimou-se o número de bactérias por campo, a partir de cinco campos aleatórios por amostra, possibilitando uma avaliação mais objetiva da morfologia e predominância bacteriana. Foi observado maior intensidade de bacilos Gram negativos e a mínima presença de leveduras nas lâminas. Os resultados evidenciaram correlação com os exames laboratoriais realizados. Mesmo na ausência de sinais clínicos, alterações hematológicas e bioquímicas, foram encontradas. Houve maior crescimento em placas com meio MH em comparação com o meio MC. A partir do presente estudo conclui-se que, isoladamente, a bacterioscopia fecal não se mostrou suficiente para o diagnóstico de disbiose, mas sua associação com exames hematológicos e bioquímicos pode contribuir para uma avaliação clínica mais precisa, reforçando a importância de exames laboratoriais como ferramentas de triagem em coelhos assintomáticos.