A manutenção de animais selvagens em cativeiro sempre foi um desafio enfrentado por médicos veterinários, biólogos e tratadores, devido às particularidades biológicas das milhares de espécies existentes. Os répteis estão entre os animais menos estudados, embora a presença deles nas instituições zoológicas e em coleções particulares esteja em crescimento. Aliado a este avanço na demanda, o maior envolvimento da sociedade em questões relacionadas ao bem-estar animal tem gerado um aumento no número de denúncias, levando as autoridades públicas a requisitar exames periciais para averiguá-las. O objetivo do presente trabalho foi propor um protocolo de avaliação que busca examinar, de forma científica e objetiva, as principais variáveis comportamentais, ambientais, sanitárias e de conforto que possam influenciar o bem-estar de répteis em cativeiro. Espera-se que o protocolo seja útil para peritos, técnicos de zoológicos e criadores, além de proprietários domiciliares, para que todos possam identificar as situações que requerem uma ação imediata e direta para diminuir os casos de maus tratos que envolvem répteis em cativeiro.